شوراي پژوهشگاه مركب از ریاست و معاونان پژوهشگاه، رؤساي پژوهشكده‌ها و موسسات وابسته بوده و مسؤوليت تصميم‌گيري در زمينه برنامه‌هاي پژوهشي و آموزشي، كمك به امور اجرايي و فراهم آوردن امكانات در زمينه فعاليتهاي پژوهشي و آموزشي را بر عهده دارد.
شوراهاي معين پژوهشي، آموزشي، بين‌الملل، رسانش و ارتباطات و همكاري‌ها عهده‌دار تهيه و کارشناسي دستور جلسات شوراي عالي پژوهشگاه مي‌باشند.
شورای پژوهشگاه بصورت منظم هر هفته در پژوهشگاه تشکیل جلسه می دهد.