شهر قم در بردارندة بزرگترين حوزۀ علميه جهان اسلام و مركز حوزه‌هاي علميه ايران مي‌باشد و پژوهشگران شايستۀ بسياري را در زمينه‌هاي گوناگون علوم و معارف اسلامي در خود جاي داده است؛ لذا از همان اوان تأسيس پژوهشگاه تصميم گرفته شد براي استفاده از وجود محققان حوزوي و ايجاد ارتباط با مراكز علمي فعال در این شهر و فراهم ساختن زمينۀ مشاركت دانشوران حوزوي در امور پژوهشي روزآمد و همچنين كمك به حوزه علمیه و حمايت از دانش‌آموختگان علاقه‌مند به تحقيق در عرصۀ مباحث مورد علاقه پژوهشگاه، دفتري در این شهر راه‌اندازي شود.
اين دفتر تاكنون موفق به جلب همكاري و جذب و استخدام چندین تن از محققان و انديشوران حوزه علمیه شده و ضمن اجراي طرحهاي تحقيقاتي متعدد، نشستها و همايشهاي علمي و تحقيقاتي بسيار، و دوره‌هاي آموزشي پرباري را برگزار كرده است.
جهت تقويت ارتباط با محققان حوزوي سه پژوهشکده و چندین گروه‌ه علمي پژوهشگاه در دفتر قم مستقر هستند.