هیأت رئیسه پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی متشکل از ریاست پژوهشگاه، معاونین، روسای پژوهشکده های فرهنگ و مطالعات اجتماعی، حکمت و دین پژوهی و نظام های اسلامی و همچنین مشاوران راهبردی و طرح و برنامه ریزی ریاست هر هفته تشکیل جلسه می دهد.
عمده وظايف هیأت رئیسه پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی عبارت است از:
الف) بررسي و رايزني در زمينه‌ي تمهيد مقدمات سازماني براي تحقق اسناد بالادستي نظام بويژه چشم‌انداز نظام در افق 1404، نقشه‌ي جامع علمي كشور و سياست‌هاي كلي نظام اداري و نيز تدابير و رهنمودهاي مقام معظم رهبري( دام ظله) در پژوهشگاه.
ب) بررسي و پيش‌بيني ملزومات اجراي مصوبات شوراي عالي انقلاب فرهنگي، شوراي عالي حوزه‌هاي علميه، دستورالعمل‌هاي ابلاغي وزارت علوم، تحقيقات و فناوري، برحسب تناسب و در راستاي تحقق اهداف و وظايف پژوهشگاه.
ج) بررسي و رايزني در زمينه‌ي امور حقوقي، منابع و تشكيلات متناسب براي حسن اجراي اهداف، چشم‌انداز، اصول راهبردي و وظايف پژوهشگاه.
د) بررسي و تصويب ساختار سازماني و تشكيلات تفصيلي و سازمان‌نيروي پژوهشگاه و موسسات وابسته.
ه) بررسي و تصويب آئين‌نامه هاي مالي ـ معاملاتي، اداري – استخدامي، فرايندنامه‌ها، دستورالعمل‌ها و طرح‌هاي پيشنهادي كارگروههاي تخصصي.
و) بررسي و تصويب بودجه‌ي تلفيقي برنامه هاي پژوهشگاه و تاييد نهايي بودجه‌ي موسسات وابسته.
ز) بررسي براي فراهم‌سازي زمینه‌ي رشد معنوی و بهسازی منابع انسانی، بالاخص رهگذر آموزش ضمن خدمت و ايجاد فرصت‌هاي مطالعاتي در جهت ارتقاء بهره‌وری و نهادینه سازی فرهنگ سازماني اسلامی در پژوهشگاه.
ح) بررسي و تصويب برنامه‌ها و روش هاي تعامل با حوزه هاي علميه و مراكز آموزش عالي و علمي ـ پژوهشي كشور با توجه به پيشنهادهاي واصله از پژوهشكده‌ها و موسسات وابسته و كارگروههاي تخصصي.
ط) رايزني و برنامه‌ریزی در جهت اخذ گواهینامه‌های معتبر استاندارد مرتبط.
ي) ساير امور و مسائل ارجاعي از سوي رياست پژوهشگاه.