رئيس پژوهشگاه به عنوان بالاترين مقام مديريتي، مسؤوليت هدايت تصميمات و فعاليت‌ها و تدبير امور كلان و هماهنگ‌سازي بخشهاي گوناگون را عهده‌دار است. معاونان، مسؤولان قسمت‌هاي مختلف و مديران مؤسسات وابسته به پژوهشگاه نيز با نظر مستقيم وي گزينش و گمارده مي‌شوند.
از ابتداي تأسيس پژوهشگاه تاكنون آیت الله علی اكبر رشاد عهده‌دار رياست پژوهشگاه مي‌باشد.