معاونت امور پژوهشي و آموزشي از مدیریت پشتيباني و خدمات پژوهشي و آموزشی، مدیریت برنامه‌ريزي و ارزشیابی پژوهشی و آموزشی، اداره تعاملات علمی و بین المللی، دبیرخانه شوراهای تخصصی پژوهشی و یک مشاورت علمی تشكيل شده است.
مسؤوليت امور فني و فرايندي آثار و مجلات و كتابخانه و مدارك علمي با اداره پشتيباني و خدمات پژوهشي و آموزشی؛ مسؤوليت امور جذب و ارتقاء و نظارت بر برنامه و عملكرد اعضاي هيأت علمي و محققان و تحقيقات و برنامه‌ها و عملکردهای گروه‌های علمی با اداره برنامه ریزی و ارزشیابی پژوهشی و آموزشی می‌باشد. مسؤوليت شناسايي و برقراري ارتباط با مراکز و شخصيت‌هاي علمي داخلی و نيز زمينه‌سازي براي اجراي طرح‌هاي ويژۀ پژوهشگاه در حوزه بين‌الملل همچون طرح گفتگوي علمي ـ انتقادي با مبادي تفکرات جهاني رقيب و … بر عهده اداره تعاملات علمی و بين‌المللي است.
تدبیر امور شوراهای مرجع از قبیل شورای پژوهشگاه، شورای آثار، هیات ممیزه مشترک استان تهران، کمیته دستگاهی کرسی‌های علمی و ترویجی و … نیز توسط دبیرخانه شوراهای تخصصی پژوهشی انجام می‌گیرد.
به عنوان اهم وظایف معاونت پژوهشی و آموزش می‌توان از موارد ذیل یاد نمود:
۱. پایش پیوسته و روشمند معارک علمی ـ فکري مرتبط با اهداف و رسالت پژوهشگاه در داخل و خارج کشور، و بررسی نیازهای نظام و جامعه‌ی اسلامي، تهیه و پیشنهاد سیاست‌های اجرائی، رویکردها و اولویت‌های دوره‌ای و سالانه‌ی فعالیتهای پژوهشگاه در زمینه‌های پژوهشی و آموزشی براساس آن، و پیگیری روشمند تحقق آنها پس از تصویب و ابلاغ.
۲. تهیه و ارائه‌ی به موقع برنامه‌ی ستادی معاونت، و نیز کارشناسی، تنظیم به‌هنگام برنامه‌های دوره‌ای و سالانه‌ی پژوهشی و آموزشی پژوهشگاه با همکاری پژوهشکده‌ها و واحدهای ذی‌ربط، با تاکید بر «فرایندمندی» و «چندفراوردگي» دوره‌های فعالیت هر عضو، گروه و پژوهشکده، و نظارت بر حسن جریان آن.
۳. رصد مداوم بنیه‌ی علمی ـ فکري، مهارتي و کارکردي اعضای هیأت علمی و پژوهشگران پژوهشگاه، اتخاذ تدابیر لازم برای ارتقای شاخصه‌های «دانشمندی»، «اندیشمندي» و «دغدغه‌مندی انقلابي» در اعضا، و نیز برنامه‌ریزی برای شناسایی و جذب افراد دارای‌صلاحیت و مستعد، با تاکید بر اصطیاد چهره‌های ممتاز و برجسته‌ی علمی ـ فکری برخوردار از شاخصه‌های یادشده، جهت عضویت در هیأت علمی پژوهشگاه، با مشارکت پژوهشکده‌ها و واحدهای ذی‌ربط.
۴. بررسی صلاحیت افراد پیشنهادی از سوی پژوهشکده‌ها و دیگر واحدهای علمی، برای تصدی مدیریت و کارشناسی گروه‌ها، ریاست و عضویت در شوراها و حلقات علمی، دانشنامه‌ها، تحریریه‌های مجلات و…، نیز بررسی و پیشنهاد عزل و نصب رؤسای پژوهشکده‌ها، و واحدهای پژوهشی و آموزشی، به ریاست پژوهشگاه.
۵. تهیه و ارائه‌ی «نظامواره‌ی سنجش و ارزشیابي» در پژوهشگاه، مشتمل بر شاخص‌ها، روش‌ها، فرایندها و روندهای پیشرفت کمی و کیفی امور پژوهشکده‌ها و واحدهای ذی‌ربط و کارکردسنجی مدیران علمی و اعضای هیأت علمی با تاکید بر تحقق و تعمیق شاخصه‌های سه‌گانه‌ی «دانشمندی»، «اندیشمندي» و «دغدغه‌مندی انقلابي». و نیز مدیریت اجرائی نظامواره پس از تصویب، و تحلیل نتایج و ارائه‌ی راهکارهای اصلاحی و ارتقایی.
۶. تجمیع تجارب و تدوین طرح «نفر» (نظامواره‌ی مدیریت «فرایندمند» و «تمحض‌محور» تولید معرفت) و سعی بر به‌سازی و ارتقای پیوسته‌ی آن، از رهگذر رصد تجارب و توفیقات، ابتکارات و اختصاصات سایر مؤسسات، تدبیر و تلاش برای بومی‌سازی و به‌کارگیری آنها در پژوهشگاه.
۷. تنظیم و ارائه‌ی شاخصه‌های کیفي و محتوایی، فني و صوري انواع محصولات علمی، فکری و فرهنگی پژوهشگاه و مؤسسات تابعه و وابسته، با لحاظ اهداف و وظائف آنها و نیازمندی‌های مخاطبان و شرائط فکری و اجتماعي کشور، و نظارت بر حسن تحقق شاخصه‌ها، و برنامه‌ریزی و اتخار تدابیر لازم برای روزآمدی و ارتقای آثار، با همکاری واحدهای ذی‌ربط.
۸. تهیه و تنظیم و بهینه‌سازی پیوسته‌ی روش‌ها، فرآیندها، ضوابط، دستورعمل‌ها و کاربرگ‌های موجود و موردنیاز فعالیتهای پژوهشی، آموزشی و پشتیبانی تحقیقات، با همکاری واحدهای ذی‌ربط، و بارگذاری و به‌روزرسانی آنها در سامانه‌های الکترونیکی برخط در دسترس.
۹. پشتیبانی ویژه از طرحهای تحقیقاتي و اعضای ممتاز، و ارائه‌ی خدمات پژوهشی به اعضای هیأت علمی و پژوهشگران، از رهگذر شناسایی و تامین منابع و مدارک علمی مورد نیاز، اطلاع‌رسانی روزآمد و مؤثر، همچنین توان‌افزایی ایشان در بهر‌ه‌گیری از منابع و ابزارها، و نیز تجمیع طبقه‌بندی و حفظ کلیه‌ی سوابق و اسناد پژوهشی مرتبط با فعالیت‌ها و تولیدات علمی پژوهشگاه و فراوری آن برای بهره‌برداری همه‌ی آحاد و واحدها.
۱۰. مدیریت امور آموزشی و برگزاری دوره‌های تحصیلات تکمیلی و رشته‌های تخصصی مصوب (حوزوی و دانشگاهی) با همکاری واحدهای مربوط، و نیز برگزاری نشست‌های علمی و دوره‌های دانش‌افزایی و مهارت‌آموزی برای اعضای هیأت علمی و پژوهشگران پژوهشگاه.
۱۱. مدیریت متمرکز امور اجرايی همایش‌ها، هم‌اندیشی‌ها، کرسی‌ها و کارگاه‌های علمی و نشست‌های فکری، و نظارت فرایندی بر فعالیتهای پژوهشکده‌ها و واحدها و عملکرد متصدیان علمی در زمینه‌های فوق و تهیه‌ی گزارش پیشرفت برنامه‌ها، بررسی و تحلیل نحوه‌ی برگزاری و نتایج حاصله.
۱۲. فعال‌سازی کمیته‌ی دستگاهی کرسی‌های نظریه‌پردازی، نقد و مناظره، و ارتباط مداوم با دبیرخانه‌ی هیأت حمایت از کرسی‌ها، پیگیری تحقق حمایت‌های مقرر و مشوق‌های لازم از سوی مراجع مربوط.
۱۳. گسترش ارتباطات و تعاملات علمی، فکری و فرهنگی با نهادها، مؤسسات، تشکل‌ها و شخصیت‌ها در داخل و خارج از کشور، مدیریت فعالیتهای برون‌مرزی، به ویژه طرحهای «مواجهه با مبادی تفکرات معارض» و «مرابطه با اندیشمندان همسو»، و ایجاد زمینه برای انعکاس نظرات و نوآوری‌های علمی اعضا و حضور آنان در مجامع علمی بین المللی و معرفی ظرفیت‌ها و دست‌آوردهای پژوهشگاه.
۱۴. مدیریت، توسعه و به‌روزرسانی بانک‌های اطلاعاتی و سامانه‌های بر خط مرتبط با حوزه‌های کاری معاونت.
۱۵. مدیریت دبیرخانه‌ی شورای عالی پژوهشگاه، برنامه‌ریزی و تدبیر پیوسته برای به‌سازی و ارتقای شوراهای پژوهشکده‌ها، شوراهای علمی گروه‌ها، تحریریه‌ها، و نظارت بر حسن جریان فعالیت آنها، و ایجاد سامانه‌ی مناسب برای رصد و انعکاس پیشرفت مصوبات و تصمیمات این شوراها.
۱۶. تهیه و ارائه‌ی گزارش عملکرد فعالیتهای پژوهشکده‌ها و واحدها و ارزیابی و تحلیل پیشرفت برنامه‌های مصوب سالانه و دوره‌ای پژوهشی و آموزشی.