کار ويژه‌ها به آن دسته از فعاليت‌هاي اساسي اطلاق مي‌شود که به صورت روش‌مند و جامع، در پژوهشگاه در جريان است. از باب نمونه مي‌توان به موارد زير اشاره نمود:
- طرح گفت‌وگوي علمي انتقادي با مبادي تفکرات جهاني رقیب، از طريق طراحي سطوح و برنامه‌هاي نظام‌مند.
- اجراي طرح تمحض اعضاي هيأت علمي و پژوهشگران، از طريق تدوين ساختار موضوعي گروه‌ها، و گرايش‌بندي و گرايش گزيني براي اعضاي هيأت علمي و پژوهشگران.
- طراحي نظام آموزش «پژوهش‌محورِ پرورش‌مآل» و آغاز اجراي آزمايشي آن.
- طراحي و تأليف دانشنامه‌هاي «نوآورانة ساختار موضوعي».
- اشتمال همه تحقيقات بر ساحات يا سطوحي از نوآوري.
- آغازگري در مباحث و چالش‌هاي انديشه‌اي و ابتکار عمل در موضوعات و رشته‌ها و گروه‌هاي علمي.
- ایفای نقش تأثيرگذار در جريان‌سازي فکري و حوزه‌هاي مربوط.
- طراحي و کاربست مديريت نوين پژوهش.
- جبهه‌گونگي و گفتمان‌وارگي در دين‌پژوهي مجدّد.
- فراملّي‌انديشي.
- اجتناب از ورود در مباحث و منازعات سياسي روزمرّه.
- اجراي برنامه‌هاي مرتبط با سند چشم‌انداز ملي و برنامه‌هاي پنج‌ساله چهارم توسعه.
- برجستگي علمي در برخي حوزه‌هاي معرفتي همچون فلسفة دين، اقتصاد اسلامي، معرفت‌شناسي، فلسفه‌هاي مضاف، و روش‌شناسي مطالعات ديني.